Albator et son équipage parcourent l'univers à la recherche de la planète idéal pour vivrent en paix. Mais leurs quête sera sans cesse perturbé par les Humandoids, une race extraterrestres qui ont envahi la terre et qui ont placé l'être humain au rang d'esclave. Monsieur Zon,un humain corrompu et le cerveau des Humandoids veut à tout prix éliminer Albator pour ses propres raisons. Mais heureusement,Albator,rencontrera beaucoup d'amis sur sa route qui l'accompagnera pour l'aider dont la belle Nausicaa,le turbulent Johnny et la charmante Lydia.